Per definire un CRS, selezionare dal menu (Gnome, OSX) oppure (KDE, Windows). I CRS personalizzati vengono memorizzati nel database QGIS dell'utente. In aggiunta ai CRS personalizzati, questo database contiene i segnalibri spaziali e altri dati personalizzati.
Nota: i parametri devono iniziare con +proj=-blocco, per rappresentare il nuovo CRS.
La definizione di un CRS personalizzato in QGIS richiede una buona conoscenza delle librerie di proiezione Proj.4. Per inziare fare riferimento a Cartographic Projection Procedures for the UNIX Environment - Una guida utente di Gerald I. Evenden, U.S. Geological Survey Open-File Report 90-284, 1990. Questo manuale descrive l'uso delle proj.4 e relativi tool da riga di comando. I parametri cartografici usati con le librerie proj.4 sono descritti nel manuale utente, e sono gli stessi usati da QGIS.